fred viste seg kortvarig, men, for på slutten av 1798 en ny koalisjon rettet mot Frankrike ble dannet (Krigen av den Andre Koalisjon, 1798-1802). Denne gangen Preussen holdt seg nøytrale. Fredrik Vilhelm III, samvittighetsfull og beskjeden, men ineffektiv trang hersker, var kjent for privat moral snarere enn politisk dyktighet. Regjeringen i Berlin drev frem og tilbake, dabbling i mindre økonomiske og administrative reformer uten betydelig bedre struktur i staten., Et tiår av nøytralitet var frittered unna, mens hæren sjefer hvilte på laurbærene av Fredrik den Store. Østerrike, på den annen side, spilte den samme ledende rolle i Krigen på den Andre Koalisjon som det gjorde i Krigen i den Første Koalisjon, med samme negative resultat. Den franske seire ved Marengo (juni 14, 1800), og Hohenlinden (desember 3, 1800) tvang Keiser Frans II) for å godta Traktaten Lunéville (9. februar 1801), som bekreftet avståelse av Rheinland., Mer enn det, de herskere som mistet sine eiendeler på venstre bredd i henhold til vilkårene i fred var til å motta kompensasjon andre steder i riket. For å gjennomføre dette omfordeling av territorium, Imperial Kosthold betrodd en komité av princes, den Reichsdeputation, med oppgave å tegne et nytt kart over Tyskland. Frankrike, men utøvde stor innflytelse over sine forhandlinger. Napoleon hadde løst for å utnytte oppgjør av territorielle krav for å fundamentalt endre strukturen av det Hellige Romerske Riket., Resultatet var at den Endelige Fordypningen (Hauptschluss) av Reichsdeputation av februar 1803 markerte slutten på den gamle orden i Tyskland. I sine forsøk på å etablere en kjede av satellitt-statene øst for Rhinen, den franske diplomater brakt om avskaffelse av de minste og minst levedyktig av de politiske delene av Tyskland. De har dermed også fremmet prosessen med nasjonal konsolidering, siden fragmentering av kommunal myndighet i riket hadde vært en bærebjelke i partikularisme. At Napoleon ikke hadde til hensikt å oppmuntre til enhet blant sine naboer går uten å si., Men han uforvarende forberedt veien for en prosess av sentralisering i Tyskland som har bidratt til å frustrere hans egne planer for fremtiden forherligelse av Frankrike.
The chief ofre for den Siste Friminuttet var gratis byene, imperial riddere, og de kirkelige områder. De falt av dusinvis. For svak til å være nyttige allierte av Napoleon, de ble ødelagt av ambisjonen om deres fransk seier og av grådighet av sine tyske naboer., De kan fortsatt skryte av sine gamle historie som suverene medlemmer av det Hellige Romerske Riket, men deres fortsatte eksistens hadde blitt uforenlig med effektiv regjering i Tyskland. Rektor arvinger til deres eierandeler var større sekundær stater. For å være sikker, Napoleon kunne ikke holde Østerrike og Preussen fra å gjøre noen gevinster i den generelle scramble for et territorium som de hadde vært med på å gjøre mulig. Men han jobbet til aggrandize de tyske herskere, de fleste av dem i sør, som var sterke nok til å bli verdifulle vasaller, men ikke sterk nok til å være potensielle trusler., Bavaria, Württemberg, Baden, Hessen-Darmstadt, og Nassau ble de store vinnerne i konkurransen for booty som hadde vært den viktigste gjenstand for forhandlinger. Napoleon ‘ s strategi hadde vært i den klassiske tradisjon av fransk diplomati, tradisjon Richelieu og Mazarin. Hovdingane hadde blitt satt opp mot keiseren til å styrke rollen som Paris kunne spille i saker av den tyske stater. Men den tyske fyrster ikke misliker å bli brukt som brikker i et politisk spill for å fremme interessene til en fremmed makt., Uansett hva de reist innvendinger mot oppgjør i 1803 var basert på hensiktsmessighet og opportunisme. Den mest alvorlige tiltalen av den gamle orden var at i timen for sin forestående kollaps ingen av herskerne forsøkte å forsvare det i navnet til den generelle velferden i Tyskland.
Den Siste Friminuttet var den neste siste akt i høst av det Hellige Romerske Riket. Slutten kom tre år senere. I 1805 Østerrike sluttet seg til den tredje koalisjonen av Store Krefter fast bestemt på å redusere overvekt av Frankrike (noe som resulterer i Krigen i den Tredje Koalisjonen, 1805-07)., Utfallet av denne krigen var enda mer katastrofale enn de som kriger av den første og andre koalisjoner. Napoleon tvang viktigste Habsburg hæren i Tyskland til å overgi seg på Ulm (17 oktober 1805); da han kom til Wien, opptar den stolte hovedstad i hans fiende, og endelig har han påført et knusende nederlag (2 desember 1805) på kombinert russiske og Østerrikske hærer ved Austerlitz i Moravia (nå i den tsjekkiske Republikk)., Før året var ute, Francis II ble tvunget til å signere ydmykende-Traktaten av Pressburg (26 desember), som ble den dominerende rollen hans-dynastiet hadde spilt i saker av Tyskland. Han hadde til å overgi sine eiendeler i vest-Tyskland til og Baden-Württemberg, og provinsen Tirol til Bayern. Napoleon ‘ s strategi om å spille fyrstelig mot keiserlige ambisjoner hadde vært en strålende suksess. Herskerne av den sekundære stater i sør hadde støttet ham i krigen mot Østerrike, og i den fred som fulgte de ble rikt belønnet., Ikke bare gjorde de har del i utbyttet som ble beslaglagt fra Habsburgerne, men de var også lov til å absorbere de resterende gratis byer, små fyrstedømmer, og kirkelige områder. Endelig, å hevde rettighetene til full suverenitet, herskerne av Bayern og Württemberg tok tittelen konge, mens herskerne av Baden og Hessen-Darmstadt seg tilfreds med mer beskjedne rangering av storhertug., De siste rester av den keiserlige grunnloven hadde nå blitt ødelagt, og Tyskland var klar for en ny form for politisk organisering som gjenspeiler maktforhold som er opprettet av våpenmakt.
I løpet av sommeren 1806, 16 av den sekundære stater, oppmuntret og prodded av Paris, annonsert at de var å danne en egen forening for å bli kjent som Konføderasjon av Rhinen., Erkebiskop Karl Theodor von Dalberg var å presidere over den nye union som «prince primat», mens fremtidige diskusjoner blant medlemmene var å etablere et college of kings og en college of princes som felles lovgivende organer. Det var også snakk om en «fundamental lov» som kunne tjene som grunnloven av en forynget Tyskland. Men alle disse modige planer ble aldri mer enn en fasade for den harde virkeligheten av fremmede hegemoni i Tyskland., Napoleon ble proklamert at «protector» av Næringslivets av Rhinen, og en varig allianse mellom medlemsstatene og den franske Riket, plikter den tidligere å opprettholde betydelige militære styrker for formålet av gjensidig forsvar. Det kan være ingen tvil om at hvis interesser disse soldatene ville tjene. Den sekundære herskere i Tyskland ble forventet å betale en vakker hyllest til Paris for sine nyervervede humbug suverenitet., On August 1 confederated stater proklamerte sin løsrivelse fra empire, og en uke senere, den 6. August 1806, Francis II annonsert at han skulle legge ned imperial crown. Det Hellige Romerske Riket dermed kom offisielt til en slutt, etter en historie av en tusen år.