de vrede bleek echter van korte duur, want aan het einde van 1798 werd een nieuwe coalitie tegen Frankrijk gevormd (de Tweede Coalitieoorlog, 1798-1802). Deze keer bleef Pruisen neutraal. Frederik Willem III, een gewetensvolle en bescheiden maar ineffectieve heerser, was eerder bekend om zijn persoonlijke moraal dan om zijn politieke vaardigheid. De regering in Berlijn dreef heen en weer, ploeteren in kleine economische en administratieve hervormingen zonder significante verbetering van de structuur van de staat., Een decennium van neutraliteit werd verspild terwijl de legeraanvoerders rustten op de lauweren van Frederik de grote. Oostenrijk speelde daarentegen dezelfde leidende rol in de Tweede Coalitieoorlog als in de Eerste Coalitieoorlog, met hetzelfde ongelukkige resultaat. De Franse overwinningen in Marengo (14 juni 1800) en Hohenlinden (3 December 1800) dwongen Keizer Frans II om akkoord te gaan met het Verdrag van Lunéville (9 februari 1801), wat de aftocht van het Rijnland bevestigde., Meer dan dat, die heersers die hun bezittingen verloren op de linkeroever onder de voorwaarden van de vrede moesten compensatie elders in het rijk ontvangen. Om deze herverdeling van het grondgebied uit te voeren, gaf de keizerlijke Diet een commissie van vorsten, de Reichsdeputatie, de opdracht een nieuwe kaart van Duitsland te tekenen. Frankrijk heeft echter de grootste invloed uitgeoefend op zijn beraadslagingen. Napoleon had besloten om de regeling van territoriale aanspraken te gebruiken om de structuur van het Heilige Roomse Rijk fundamenteel te veranderen., Het Eindreces (Hauptschluss) van de Reichsdeputatie van februari 1803 betekende het einde van de oude orde in Duitsland. In hun poging om een keten van satellietstaten ten oosten van de Rijn, de Franse diplomaten over de eliminatie van de kleinste en minst levensvatbare van de politieke componenten van Duitsland. Zij bevorderden daarmee ook het proces van nationale consolidatie, aangezien de fragmentatie van de burgerlijke autoriteit in het Rijk een steunpilaar van het particularisme was geweest. Dat Napoleon niet van plan was de eenheid tussen zijn buren aan te moedigen spreekt voor zich., Toch bereidde hij onbewust de weg voor voor een proces van centralisatie in Duitsland dat zijn eigen plannen voor de toekomstige uitbreiding van Frankrijk hielp dwarsbomen.de belangrijkste slachtoffers van het laatste reces waren de Vrije Steden, de keizerlijke ridders en de kerkelijke gebieden. Ze vielen met tientallen. Te zwak om nuttige bondgenoten van Napoleon te zijn, werden ze vernietigd door de ambitie van hun Franse veroveraars en door de hebzucht van hun Duitse buren., Ze konden nog steeds opscheppen over hun oude geschiedenis als soevereine leden van het Heilige Roomse Rijk, maar hun voortbestaan was onverenigbaar met een effectieve regering in Duitsland geworden. De belangrijkste erfgenamen van hun bezit waren de grotere secundaire Staten. Napoleon kon Oostenrijk en Pruisen er niet van weerhouden enige winst te maken in de algemene strijd om het grondgebied dat zij mogelijk hadden gemaakt. Maar hij werkte om die Duitse heersers, de meeste in het zuiden, die sterk genoeg waren om waardevolle vazallen te zijn, maar niet sterk genoeg om potentiële bedreigingen te zijn., Beieren, Württemberg, Baden, Hessen-Darmstadt en Nassau waren de grote winnaars in de strijd om de buit die het belangrijkste onderwerp van de onderhandelingen was geweest. Napoleon ‘ s strategie was in de klassieke traditie van de Franse diplomatie, de traditie van Richelieu en Mazarin. De prinsen waren tegen de keizer opgezet om de rol die Parijs kon spelen in de zaken van de Duitse staten te versterken. Toch waren de Duitse vorsten er niet tegen om als pionnen te worden gebruikt in een politiek spel om de belangen van een buitenlandse macht te bevorderen., De bezwaren tegen de schikking van 1803 waren gebaseerd op opportunisme en opportunisme. De ernstigste aanklacht tegen de oude orde was dat in het uur van haar dreigende ineenstorting geen van de heersers probeerde haar te verdedigen in naam van het algemene welzijn van Duitsland.Het Laatste reces was de op één na laatste handeling in de val van het Heilige Roomse Rijk. Het einde kwam drie jaar later. In 1805 sloot Oostenrijk zich aan bij de Derde Coalitie van grootmachten die vastbesloten waren het overwicht van Frankrijk te verminderen (resulterend in de oorlog van de Derde Coalitie, 1805-07)., De uitkomst van deze oorlog was nog rampzaliger dan die van de oorlogen van de eerste en tweede coalities. Napoleon dwong het belangrijkste Habsburgse leger in Duitsland om zich over te geven bij Ulm (17 oktober 1805); vervolgens daalde hij af naar Wenen, bezettend de trotse hoofdstad van zijn vijand; en uiteindelijk bracht hij een verpletterende nederlaag (2 December 1805) op de gecombineerde Russische en Oostenrijkse legers bij Austerlitz in Moravië (nu in de Tsjechische Republiek)., Voordat het jaar voorbij was, werd Frans II gedwongen om het vernederende Verdrag van Pressburg (26 December) te ondertekenen, dat een einde maakte aan de dominante rol die zijn dynastie had gespeeld in de zaken van Duitsland. Hij moest zijn bezittingen in West-Duitsland overdragen aan Württemberg en Baden, en de provincie Tirol aan Beieren. Napoleon ‘ s strategie om vorstelijk tegen keizerlijke ambities te spelen was een briljant succes gebleken. De heersers van de secundaire Staten in het zuiden hadden hem gesteund in de oorlog tegen Oostenrijk, en in de vrede die volgde werden ze rijkelijk beloond., Ze deelden niet alleen in de buit die ze van de Habsburgers in beslag namen, maar ze kregen ook toestemming om de resterende vrije steden, kleine vorstendommen en kerkelijke gebieden op te nemen. Ten slotte namen de heersers van Beieren en Württemberg de titel van koning over, terwijl de heersers van Baden en Hessen-Darmstadt tevreden waren met de meer bescheiden rang van groothertog., De laatste overblijfselen van de keizerlijke grondwet waren nu vernietigd en Duitsland was klaar voor een nieuwe vorm van politieke organisatie die de machtsverhoudingen weerspiegelde die door de kracht van wapens werden gecreëerd.in de zomer van 1806 kondigden 16 van de secundaire Staten, aangemoedigd en aangemoedigd door Parijs, aan dat zij een aparte vereniging vormden, de Confederatie van de Rijn., Aartsbisschop Karl Theodor von Dalberg zou de nieuwe unie voorzitten als de” prins primaat”, terwijl toekomstige beraadslagingen onder de leden zouden leiden tot een college van koningen en een college van prinsen als gemeenschappelijke wetgevende organen. Er werd zelfs gesproken over een” fundamenteel statuut ” dat zou dienen als de grondwet van een verjongd Duitsland. Toch waren al deze moedige plannen nooit meer dan een façade voor de harde realiteit van buitenaardse hegemonie in Duitsland., Napoleon werd uitgeroepen tot de” beschermer ” van de Confederatie van de Rijn, en een permanente alliantie tussen de lidstaten en het Franse Rijk verplicht de Voormalige om aanzienlijke strijdkrachten te handhaven met het oog op wederzijdse verdediging. Er kan geen twijfel over bestaan wiens belangen deze troepen zouden dienen. Van de secundaire heersers van Duitsland werd verwacht dat ze een mooi eerbetoon zouden brengen aan Parijs voor hun nieuw verworven schijn-soevereiniteit., Op 1 augustus riepen de Geconfedereerde Staten hun afscheiding uit van het rijk, en een week later, op 6 augustus 1806, kondigde Frans II aan dat hij de keizerlijke kroon aflegde. Het Heilige Roomse Rijk kwam dus officieel tot een einde na een geschiedenis van duizend jaar.
