IMGT classes of the 20 common amino acids
IMGT ‘fysicochemische’ klassen van de 20 gemeenschappelijke aminozuren
Elf IMGT ‘fysicochemische’ klassen van de 20 gemeenschappelijke aminozuren zijn gedefinieerd door de fysicochemische eigenschappen van hun zijketens (figuur 1) .,
Deze gestandaardiseerde klassen worden gebruikt in IMGT ® databases en tools, voor de beschrijving van veranderingen in aminozuurklassen in mutaties en eiwit engineering.
figuur 1: De 11 IMGT ‘fysisch-chemische’ klassen van de 20 gemeenschappelijke aminozuren .,
‘Hydropathy’
| I | V | L | F | C | M | A | W (1) | G | T | S | Y | P | H | N | D | Q | E | K | R |
| 4.5 | 4.2 | 3.8 | 2.8 | 2.5 | 1.9 | 1.8 | -0.,9 | -0.4 | -0.7 | -0.8 | -1.3 | -1.6 | -3.2 | -3.5 | -3.5 | -3.5 | -3.5 | -3.9 | -4.,5 |
| hydrofoob | neutraal | hydrofiel | |||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
aminozuren worden geordend van de meest hydrofobe, isoleucine (I, aan de linkerkant) tot de meest hydrofiele, arginine (R, rechts), volgens de schaal van Kyte-doolille .
(1) Tryptofaan is, ondanks zijn waarde van -0,9 in de Kyte-Doolittle-schaal, ingedeeld in de IMGT ‘hydrofobe’ klasse, omdat het deelneemt aan de hydrofobe kern van de structurele domeinen.,
‘Volume’
aminozuren worden geordend van de kleinste (G) tot de grootste (W).
‘chemisch’
‘lading’
De sulfhydrylgroep van cysteïne en de fenolhydroxylgroep van tyrosine vertoont enige pH-afhankelijke ionisatie.
‘Waterstofdonor-of acceptoratomen’
er zijn 4 IMGT-klassen ‘Waterstofdonor-of acceptoratomen’. Aminozuren in elke klasse staan in de volgorde van Tabel 2:
- Donor (R, K, W).
- Acceptor (D, E).
- Donor en acceptor (N, Q, H, S, T, Y).
- Geen (A, C, G, I, L, M, F, P,V).,