De eerste van de eenentwintig Californische missies, de missie San Diego de Alcalá is vernoemd naar de 15e-eeuwse heilige Didacus van Alcalá, beter bekend als Sint Diego. Opgericht door Pater Junipero Serra op 16 juli 1769, is het hier waar de Spaanse religieuze en politieke droom om een Alta California missieketen te beginnen voor het eerst werkelijkheid werd.,oorspronkelijk gelegen op een heuvel met uitzicht op de baai, een droogte in 1774 dwong de Mission fathers om Mission San Diego ongeveer zes mijl landinwaarts te verplaatsen naar de huidige locatie, dichter bij de San Diego rivier, om toegang te krijgen tot meer gunstige landbouwgrond en de lokale Indiase dorpen.de inheemse tipai-Ipai Indianen waren resistent tegen kolonisatie en binnen enkele weken na de oprichting van de missie had geweld geleid tot de dood van zowel de Indianen als de missionarissen., In 1775 vielen honderden lokale tipai-Indianen de missie aan, wat grote schade aan het gebouw veroorzaakte en vader Jayme doodde, die de eerste christelijke martelaar van Californië zou worden. Uit angst voor een nieuwe inval herbouwden de padres de missie volgens de specificaties van een legerfort.naarmate de missiepopulatie groeide, groeide ook de behoefte aan een grotere kerk. De Franciscanen gebruikten meestermetselaar Miguel Blanco om het gebouw te bouwen, wat resulteerde in een ontwerp dat zelfs op het moment van voltooiing als ouderwets werd beschouwd., De kerk beschikt over opvallende ramen, hoog gebouwd ter bescherming tegen indringers, en ook om te voorkomen dat ze instorten onder het gewicht van de Adobe muren. Toen het dak in 1811 brak, werden grote steunberen aan de voorkant van de missie toegevoegd. Deze toevoeging kwam net op tijd – de extra steun zorgde ervoor dat de missie de aardbeving van 1812 kon overleven.
een van de meest opvallende kenmerken van deze missie is de 46-voet hoge campanario, of bell wall, die vijf klokken bevat. De grootste van deze bronzen klokken heet Mater Dolorosa, en weegt maar liefst 1200 pond., Voor alle missies was het gebruikelijk dat de klokken een scala aan doeleinden dienden: ze kondigden de tijd aan voor de mis, het werk, de maaltijden en de siësta ‘ s. Natuurlijk waarschuwden ze ook voor gevaar, Tolden ze om de doden te eren, belden ze om de vrede te vieren en verkondigden ze de komst van gasten.vader Junipero Serra ‘ s nalatenschap blijft op dit zuidelijke deel van de Californische missies. Gebouwd in 1774, La Casa De Padre Serra, is waar de missie idealist ooit sliep. Er wordt aangenomen dat deze kamer is de enige originele kamer te hebben overleefd Indiase aanvallen en natuurrampen.het militaire verleden van de missie in San Diego was veelbewogen., De Amerikaanse militaire bezetting van de missie begon in 1846 en duurde 16 jaar, totdat President Abraham Lincoln een proclamatie ondertekende om de missie terug te geven aan de Katholieke Kerk in 1862.vandaag de dag vormen de kerk en een nieuwere Kapel, La Capilla de San Bernardino, samen een religieus centrum voor de nog steeds grote en actieve parochie van Mission San Diego.