opis
RFLP są pasmami odpowiadającymi fragmentom DNA, zwykle w zakresie 2-10 kb, które powstały w wyniku trawienia genomowego DNA za pomocą enzymów restrykcyjnych. Fragmenty DNA są oddzielane elektroforezą w żelu agarozowym i są wykrywane przez późniejszą hybrydyzację Southern blot do znakowanej sondy DNA. Znakowanie sondy może być wykonane izotopem radioaktywnym lub alternatywnymi nieradioaktywnymi Plamami, takimi jak digoksygenina lub fluoresceina., Sondy RFLP specyficzne dla locus składają się z sekwencji homologicznej określonego regionu chromosomalnego. Sondy są generowane poprzez budowę bibliotek genomowych lub komplementarnych DNA (cDNA) i dlatego mogą składać się z określonej sekwencji o nieznanej tożsamości (genomowego DNA) lub części sekwencji funkcjonalnego genu (tylko egzony, cDNA). Sondy RFLP są utrzymywane jako klony w odpowiednich wektorach bakteryjnych, które wygodnie umożliwiają izolację przechowywanych przez nie fragmentów DNA. Można stosować sondy z gatunków pokrewnych (sondy heterologiczne)., Zmienność sekwencji DNA wpływająca na brak lub obecność miejsc rozpoznawania enzymów restrykcyjnych oraz wstawienia i delecje w dwóch sąsiadujących ze sobą miejscach ograniczeń stanowią podstawę polimorfizmów długości.
Oprócz ich wysokiej obfitości genomowej i ich losowego rozkładu, RFLP mają zalety pokazywania alleli kodominant i o wysokiej odtwarzalności.,
słabe strony
głównymi wadami RFLPs są wymóg pracochłonnych i wymagających technicznie procedur metodologicznych oraz wysokie koszty. Ogólnie rzecz biorąc, jeśli badania prowadzone są na słabo zbadanych grupach dzikich gatunków lub słabo zbadanych uprawach (uprawach sierocych), odpowiednie sondy mogą nie być jeszcze dostępne, dlatego potrzebne są znaczne inwestycje w rozwój. Ponadto do każdego trawienia DNA potrzebne są duże ilości oczyszczonego, wysokocząsteczkowego DNA. Większe ilości są potrzebne dla gatunków z większymi genomami i dla większej liczby razy potrzebnej do badania każdej plamy., RFLP nie są podatne na automatyzację, a współpraca między zespołami badawczymi wymaga dystrybucji sond.
zastosowania
RFLPs mogą być stosowane w badaniach różnorodności i filogenetycznych, począwszy od osobników w obrębie populacji lub gatunków, do blisko spokrewnionych gatunków. RFLP były szeroko stosowane w genowych mapowaniu studia ze względu na ich wysoką obfitość genomu ze względu na dużą dostępność różnych enzymów restrykcyjnych i losową dystrybucję w całym genomie., Zostały one również wykorzystane do zbadania relacji blisko spokrewnionych taksonów, jako narzędzia odcisków palców, do badań różnorodności oraz do badań hybrydyzacji i introgresji, w tym badań przepływu genów między uprawami i chwastami.
Suggested reading
Restriction fragment length polymorphism mapping in conifers and applications to forest genetics and tree improvement Neale, D. B. and Williams, C. G. (1991). Canadian Journal of Forest Research, 21: 545-554. podoba mi się! do obserwowanych nr: 101139