Flagellen (Singular = Flagellum) sind lange, haarähnliche Strukturen, die sich von der Plasmamembran aus erstrecken und zum Bewegen einer ganzen Zelle verwendet werden (z. B. Sperma, Euglena). Wenn vorhanden, hat die Zelle nur ein Flagellum oder einige Flagellen. Prokaryoten haben manchmal Flagellen, aber sie unterscheiden sich strukturell sehr von eukaryotischen Flagellen. Prokaryoten können mehr als eine Flagelle haben. Sie erfüllen die gleiche Funktion sowohl bei Prokaryoten als auch bei Eukaryoten (um eine ganze Zelle zu bewegen).,
Wenn Zilien (singular = cilium) vorhanden sind, sind sie jedoch zahlreich und erstrecken sich über die gesamte Oberfläche der Plasmamembran., Sie sind kurze, haarähnliche Strukturen, die verwendet werden, um ganze Zellen (wie Paramecium) zu bewegen oder Substanzen entlang der äußeren Oberfläche der Zelle zu bewegen (z. B. die Zilien von Zellen, die die Eileiter auskleiden, die die Eizelle in Richtung Uterus bewegen, oder Zilien, die die Zellen der Atemwege auskleiden, die Partikel in Richtung des Rachens bewegen, den Schleim eingeschlossen hat). Zilien werden nicht auf Prokaryoten gefunden.
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