descriere
RFLPs sunt benzi care corespund fragmentelor de ADN, de obicei în intervalul 2-10 kb, care au rezultat din digestia ADN-ului genomic cu enzime de restricție. Fragmentele de ADN sunt separate prin electroforeză în gel de agaroză și sunt detectate prin hibridizarea ulterioară a blotului sudic la o sondă ADN marcată. Etichetarea sondei poate fi efectuată cu un izotop radioactiv sau cu pete alternative non-radioactive, cum ar fi digoxigenina sau fluoresceina., Sondele RFLP specifice locusului constau dintr-o secvență omologă a unei regiuni cromozomiale specifice. Sondele sunt generate prin construirea de biblioteci ADN genomic sau complementar (ADNc) și, prin urmare, pot fi compuse dintr-o secvență specifică de identitate necunoscută (ADN genomic) sau o parte a secvenței unei gene funcționale (numai exoni, ADNc). Sondele RFLP sunt menținute ca clone în vectori bacterieni adecvați care permit în mod convenabil izolarea fragmentelor de ADN pe care le dețin. Se pot folosi sonde de la specii înrudite (sonde heterologe)., Variația secvenței ADN care afectează absența sau prezența situsurilor de recunoaștere a enzimelor de restricție și inserțiile și ștergerile în două situsuri de restricție adiacente formează baza polimorfismelor de lungime.
concentrațiile
RFLP-urile sunt, în general, considerate a fi moderat polimorfe. În plus față de abundența lor genomică ridicată și distribuția lor aleatorie, RFLP-urile au avantajele de a arăta alele codominante și de a avea o reproductibilitate ridicată.,
puncte slabe
principalele dezavantaje ale RFLP sunt cerința unor proceduri metodologice laborioase și solicitante din punct de vedere tehnic și cheltuieli mari. În general, dacă cercetarea este efectuată cu grupuri slab studiate de specii sălbatice sau culturi slab studiate (culturi orfane), este posibil să nu fie încă disponibile sonde adecvate, astfel încât sunt necesare investiții considerabile pentru dezvoltare. Mai mult decât atât, cantități mari de ADN purificat, cu greutate moleculară mare sunt necesare pentru fiecare digestie ADN. Cantități mai mari sunt necesare pentru speciile cu genomi mai mari și pentru numărul mai mare de ori necesar pentru a sonda fiecare pată., RFLP-urile nu sunt supuse automatizării, iar colaborarea între echipele de cercetare necesită distribuirea sondelor.
Aplicații
RFLPs pot fi aplicate în studii de diversitate și filogenetice variind de la indivizi din cadrul populațiilor sau speciilor, la specii strâns legate. RFLP – urile au fost utilizate pe scară largă în studiile de cartografiere a genelor datorită abundenței lor genomice ridicate datorită disponibilității ample a diferitelor enzime de restricție și a distribuției aleatorii în întregul genom., De asemenea, au fost utilizate pentru a investiga relațiile de strâns legate de taxoni, ca amprentarea instrumente, pentru diversitate studii, pentru studii de hibridizare și introgresia, inclusiv studii de fluxul de gene între culturi și buruieni.
sugestii de lectură
polimorfismul lungimii fragmentelor de Restricție de cartografiere în conifere și aplicații de pădure genetică și copac îmbunătățirea Neale, D. B. și Williams, C. G. (1991). Canadian Journal of Forest Research, 21: 545-554. doi: 10.1139/x91-076.