IMGT klasser och en av de 20 vanliga aminosyrorna
IMGT ’fysikalisk-kemiska’ klasser av de 20 gemensamma aminosyrorna
Elva IMGT ’fysikalisk-kemiska’ klasser av de 20 gemensamma aminosyrorna har definierats av de fysikalisk-kemiska egenskaperna hos deras sidokedjor (Figur 1).,
dessa standardiserade klasser används i IMGT® – databaser och-verktyg, för beskrivning av förändringar i aminosyraklassen i mutationer och proteinteknik.
Figur 1: de 11 IMGT ’fysikalisk-kemiska’ klasserna av de 20 gemensamma aminosyrorna .,
’Hydropathy’
| I | V | L | F | C | M | A | W (1) | G | T | S | Y | P | H | N | D | Q | E | K | R |
| 4.5 | 4.2 | 3.8 | 2.8 | 2.5 | 1.9 | 1.8 | -0.,9 | -0.4 | -0.7 | -0.8 | -1.3 | -1.6 | -3.2 | -3.5 | -3.5 | -3.5 | -3.5 | -3.9 | -4.,5 |
| hydrofob | NEUTRAL | hydrofil | |||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
aminosyror beställs från den mest hydrofoba, isoleucin (i, på vänster sida) till den mest hydrofila, arginin (R, på vänster sida). höger sida), enligt Kyte-doolitle-skalan.
(1) tryptofan, trots dess värde av -0.9 i Kyte-Doolittle-skalan, har klassificerats i IMGT ’hydrofoba’ klassen, eftersom den deltar i den hydrofoba kärnan i de strukturella domänerna.,
”volym”
aminosyror beställs från den minsta (G) till den största (W).
”kemisk”
”laddning”
sulfhydrylgruppen av cystein och fenolhydroxylgruppen av tyrosin visar viss grad av pH-beroende jonisering.
’Vätedonator eller acceptatomer’
det finns 4 IMGT ’Vätedonator eller acceptatomer’ klasser. Aminosyror i varje klass är i storleksordningen Tabell 2:
- givare (R, K, W).
- Acceptor (D, E).
- givare och acceptor (N, Q, H, S, t, Y).
- Ingen (A, C, G, i, L, M, F, P,V).,