St John O ’ Sullivan var ansvarig för uppdraget 1910, då dess gemenskap var utspridda och dess byggnader i ruiner. Han satte sig om att återuppbygga församlingssamfundet samt återställa de gamla anläggningarna. Uppdraget tilldelades full parochial status 1918 som Missionskyrkan San Juan Capistrano. Serra Chapel, den äldsta stående kyrkan byggnaden i Kalifornien och den enda bevarade byggnaden där St., Junipero Serra är känd för att ha sagt massa, användes för tjänster, eftersom missionens ursprungliga stenkyrka förstördes i en jordbävning 1812.
olika ansträngningar hade gjorts för att återställa kyrkan genom åren, men hade bara orsakat ytterligare skador. O ’ Sullivan, som skulle tjäna som pastor fram till sin död 1933, hade tänkt att bygga en ny församlingskyrka modellerad på den gamla stenkyrkan, men insåg aldrig sin idé. Det moderna fallet för en ny församlingskyrka togs upp av Fr. Paul Martin, som hette pastor 1976., Vid denna tid, området katolska befolkningen hade ökat avsevärt, och Serra kapellet var otillräcklig för att behoven i församlingen.
klocktornet i skymningen
Fundraising hade börjat 1981, som omfattar pantsättning enheter och donationer från mission besökare. Den första massan i den nya byggnaden erbjöds på jul 1984, men byggandet skulle inte slutföras i ytterligare två år., Den första massan i den nya kyrkan firades den 23 oktober 1986, och byggnaden var officiellt dedikerad av Timothy Cardinal Manning den 8 februari 1987.