freden visade sig kortlivad, men för i slutet av 1798 bildades en ny koalition riktad mot Frankrike (kriget i den andra koalitionen, 1798-1802). Den här gången var Preussen neutral. Frederick William III, en samvetsgrann och blygsam men ineffektiv härskare, var känd för privat moral snarare än politisk skicklighet. Regeringen i Berlin drev fram och tillbaka, dabbling i mindre ekonomiska och administrativa reformer utan att avsevärt förbättra statens struktur., Ett decennium av neutralitet friterades bort medan armécheferna vilade på Fredrik den stores laureller. Österrike, å andra sidan, spelade samma ledande roll i kriget i den andra koalitionen som det gjorde i kriget i den första koalitionen, med samma olyckliga resultat. De franska segrarna vid Marengo (14 juni 1800) och Hohenlinden (3 december 1800) tvingade kejsaren Francis II att godkänna Lunévilles fördrag (9 februari 1801), vilket bekräftade Rheinlandens cession., Mer än så skulle de härskare som förlorade sina ägodelar på vänstra stranden enligt fredsvillkoren få ersättning någon annanstans i imperiet. För att genomföra denna omfördelning av territoriet anförtrodde den kejserliga kosten en kommitté av prinsar, Reichsdeputation, med uppgift att rita en ny karta över Tyskland. Frankrike utövade emellertid det stora inflytandet över sina överläggningar. Napoleon hade beslutat att utnyttja uppgörelsen av territoriella anspråk för att i grunden förändra strukturen i det heliga romerska riket., Resultatet var att den slutliga urtaget (Hauptschluss) av Reichsdeputationen i februari 1803 markerade slutet på den gamla ordningen i Tyskland. I sitt försök att upprätta en kedja av satellitstater öster om Rhen, de franska diplomater åstadkom eliminering av de minsta och minst livskraftiga av de politiska komponenterna i Tyskland. De främjade därmed också processen med nationell konsolidering, eftersom fragmenteringen av medborgerlig myndighet i imperiet hade varit en stöttepelare för partikelbildning. Att Napoleon inte hade för avsikt att uppmuntra enighet bland sina grannar är självklart., Ändå förberedde han omedvetet vägen för en centraliseringsprocess i Tyskland som hjälpte till att frustrera sina egna planer för Frankrikes framtida aggrandisering.
de främsta offren för den slutliga urtaget var de fria städerna, de kejserliga riddarna och de kyrkliga territorierna. De föll av dussintals. För svaga för att vara användbara allierade till Napoleon, de förstördes av sina franska erövrarnas ambition och av deras tyska grannars girighet., De kunde fortfarande skryta med sin gamla historia som suveräna medlemmar i det heliga romerska riket, men deras fortsatta existens hade blivit oförenlig med effektiv regering i Tyskland. De viktigaste arvingarna till deras innehav var de större sekundärstaterna. För att vara säker kunde Napoleon inte hålla Österrike och Preussen från att göra några vinster i den allmänna scramble för territorium som de hade hjälpt till att möjliggöra. Men han arbetade för att aggrandisera de tyska härskarna, de flesta i söder, som var starka nog att vara värdefulla vassaler men inte starka nog för att vara potentiella hot., Bayern, Württemberg, Baden, Hesse-Darmstadt och Nassau var de stora vinnarna i tävlingen om byte som hade varit huvudsyftet med förhandlingarna. Napoleons strategi hade varit i den klassiska traditionen av fransk diplomati, traditionen av Richelieu och Mazarin. Prinsarna hade ställts mot kejsaren för att förbättra den roll som Paris kunde spela i de tyska staternas angelägenheter. Men de tyska prinsarna ogillade inte att de användes som bönder i ett politiskt spel för att främja en utländsk makts intressen., Oavsett vilka invändningar de gjorde mot uppgörelsen av 1803 baserades de på lämplighet och opportunism. Den allvarligaste åtalet mot den gamla ordningen var att ingen av härskarna försökte försvara den i Tysklands allmänna välfärd under timmen av dess överhängande kollaps.
den sista fördjupningen var nästa sista handling under det heliga romerska rikets fall. Slutet kom tre år senare. 1805 gick Österrike med i den tredje koalitionen av stormakter som var fast beslutna att minska Frankrikes övervägande (vilket resulterade i kriget i den tredje koalitionen, 1805-07)., Resultatet av detta krig var ännu mer katastrofalt än de första och andra koalitionernas krig. Napoleon tvingade Habsburg-armén att kapitulera vid Ulm (17 oktober 1805); sedan kom han ner på Wien, ockuperade den stolta huvudstaden av sin fiende; och slutligen tillfogade han ett krossande nederlag (2 December 1805) på de kombinerade ryska och österrikiska arméerna vid Austerlitz i Mähren (nu i Tjeckien)., Innan året var ute tvingades Francis II att underteckna Pressburgs förödmjukande fördrag (December 26), vilket slutade den dominerande roll som hans dynasti hade spelat i Tysklands angelägenheter. Han var tvungen att överlämna sina ägodelar i Västtyskland till Württemberg och Baden, och provinsen Tirol till Bayern. Napoleons strategi att spela furstligt mot kejserliga ambitioner hade visat sig vara en lysande framgång. De styrande i sekundärstaterna i söder hade stött honom i kriget mot Österrike, och i den fred som följde blev de rikligt belönade., Inte bara delade de i bytet som beslagtogs från Habsburgarna, men de fick också absorbera de återstående fria städerna, småhusen och kyrkliga territorierna. Slutligen, hävda rätten till full suveränitet, de styrande i Bayern och Württemberg antog titeln kung, medan de styrande i Baden och Hesse-Darmstadt nöjde sig med den mer blygsamma rangen av storhertigen., De sista spåren av den kejserliga konstitutionen hade nu förstörts, och Tyskland var redo för en ny form av politisk organisation som återspeglar maktförhållanden skapade av vapenkraften.
sommaren 1806 meddelade 16 av sekundärstaterna, uppmuntrade och underblåsta av Paris, att de bildade en separat förening som skulle kallas Rhens konfederation., Ärkebiskop Karl Theodor von Dalberg var att presidera över den nya unionen som ”prince primate”, medan framtida överläggningar bland medlemmarna var att inrätta ett college av kungar och ett college av furstar som gemensamma lagstiftande organ. Det talades till och med om en ”grundläggande stadga” som skulle fungera som konstitutionen för ett föryngrat Tyskland. Ändå var alla dessa modiga planer aldrig mer än en fasad för den hårda verkligheten av främmande hegemoni i Tyskland., Napoleon utropades ”beskyddare” av Confederation of Rhen, och en permanent allians mellan medlemsstaterna och det franska imperiet tvingade den förstnämnda att upprätthålla betydande militära styrkor i syfte att ömsesidigt försvar. Det råder ingen tvekan om vems intressen dessa trupper skulle tjäna. Tysklands sekundära härskare förväntades betala en stilig hyllning till Paris för deras nyförvärvade sham-suveränitet., Den 1 augusti utropade de konfedererade staterna sin utbrytning från riket, och en vecka senare, den 6 augusti 1806, meddelade Francis II att han lade ner den kejserliga kronan. Det heliga romerska riket kom således officiellt till ett slut efter en historia av tusen år.