ursprungsbefolkningen har marginaliserats i Mexiko sedan Spanien koloniserade regionen i 1519. Sjukdom, slaveri och utnyttjande har påverkat och ödelagt många amerikanska ursprungsbefolkningar, och effekterna av kolonisering har fortsatt att påverka mexikanska ursprungsbefolkningar. Ursprungsbefolkningen utgör 15% av Mexikos befolkning, och år 2011 utgjorde den demografiska också majoriteten av den 18% av Mexikos befolkning som lever med osäker livsmedelsförsörjning., Mexikos sydligaste delstaten Chiapas rymmer cirka 13% av landets hela inhemska befolkning och har också den näst högsta fattigdomen efter delstaten Guerrero. Ungefär hälften av den inhemska befolkningen i Chiapas rapporterade ingen inkomst i 2010 års folkräkning med ytterligare 42% av individerna tjänar mindre än $ 5 per dag. Ursprungsbefolkningen i staten har också påverkats av undernäring samt begränsad tillgång till hälso-och utbildningstjänster., Ekonomiskt förtryck var också synligt under 1950-talet när ursprungsbefolkningen hindrades från att komma in i San Cristobal stadsgränser och istället var tvungen att sälja några av sina varor till mellanhänder till värden som var mycket lägre än de faktiska objektens värde.
Efter Tlatelolco-massakern fortsatte den mexikanska regeringen att undertrycka instanser av politisk mobilisering och social organisation som en del av det som kallas det smutsiga kriget. Trots hotet om regeringens förföljelse började campesino organisationer samt små väpnade grupper bildas i Chiapas på 1970-talet., I ansträngningar för att undertrycka inhemskt motstånd i regionen skapade jordbruks-och markägare paramilitära styrkor som sponsrades av den mexikanska regeringen för att våldsamt återgälda mot potentiell inhemsk trots. Samtidigt bildade många inhemska individer som kallas guerrilleros små väpnade militanta grupper som svar på förföljelse, varav en blev EZLN.,
Carlos Salinas valdes till Mexikos president 1988, och medan han lovade att utnyttja statlig finansiering för att hjälpa fattiga stater som Chiapas, såg invånarna aldrig pengarna som kontrollerades av det institutionella revolutionära partiet. Katalysatorn för EZLN: s beslut att revoltera var 1991 revideringen av artikel 27 i Mexikos 1917 revolutionära konstitution. Enligt artikel 27 skyddades inhemska kommunala markägare eller ejidos från försäljning eller privatisering. Med avlägsnandet av artikel 27 fruktade inhemska bönder förlusten av sina återstående länder och billig import från USA., Under året före upproret utsåg EZLN Subcomandante Marcos (engelska för ”Subcommander”) som den ideologiska ledaren för upproret och gjorde också planer på att förklara krig mot delstaten Mexiko. Marcos var unik i sitt ledarskap eftersom till skillnad från de flesta av upprorets deltagare var hans etnicitet mestizo istället för inhemsk. EZLN förklarade krig mot den Mexikanska staten den 1 januari 1994 för att protestera NAFTA genomförande.