Indigene Völker wurden in Mexiko an den Rand gedrängt, seit Spanien die Region 1519 kolonisierte. Krankheit, Versklavung und Ausbeutung haben viele amerikanische indigene Gemeinschaften betroffen und verwüstet, und die Auswirkungen der Kolonialisierung haben weiterhin mexikanische indigene Gemeinschaften beeinflusst. Indigene Völker machen 15% der mexikanischen Bevölkerung aus, und im Jahr 2011 machte die Bevölkerungsgruppe auch die Mehrheit der 18% der mexikanischen Bevölkerung aus, die mit Ernährungsunsicherheit leben., Mexikos südlichster Bundesstaat Chiapas hält etwa 13% der gesamten indigenen Bevölkerung des Landes und hat auch die zweithöchste Armutsrate nach dem Bundesstaat Guerrero. Etwa die Hälfte der indigenen Bevölkerung in Chiapas meldete bei der Volkszählung 2010 kein Einkommen, während weitere 42% der Personen weniger als 5 US-Dollar pro Tag verdienten. Indigene Menschen im Staat sind ebenfalls von Unterernährung sowie eingeschränktem Zugang zu Gesundheits-und Bildungsdiensten betroffen., Wirtschaftliche Unterdrückung war auch in den 1950er Jahren sichtbar, als Ureinwohner daran gehindert wurden, die Stadtgrenzen von San Cristobal zu betreten, und stattdessen einige ihrer Gegenstände an Vermittler zu Werten verkaufen mussten, die viel niedriger waren als der Wert der tatsächlichen Gegenstände.
Nach dem Massaker von Tlatelolco unterdrückte die mexikanische Regierung weiterhin Fälle politischer Mobilisierung und sozialer Organisation als Teil des sogenannten Schmutzigen Krieges. Trotz der drohenden Verfolgung durch die Regierung begannen sich in den 1970er Jahren Campesino-Organisationen sowie kleine bewaffnete Gruppen in Chiapas zu bilden., In den Bemühungen, den Widerstand der Ureinwohner in der Region zu unterdrücken, schufen Bauern-und Landbesitzer paramilitärische Kräfte, die von der mexikanischen Regierung gesponsert wurden, um sich gewaltsam gegen potenzielle Indigene zu wehren. Gleichzeitig bildeten viele Indigene, die als Guerilleros bekannt sind, als Reaktion auf die Verfolgung kleine bewaffnete militante Gruppen, von denen eine zur EZLN wurde.,
Carlos Salinas wurde 1988 zum Präsidenten Mexikos gewählt, und während er versprach, staatliche Mittel zur Unterstützung armer Staaten wie Chiapas zu verwenden, sahen die Bewohner das Geld nie von der Institutionellen Revolutionären Partei kontrolliert. Der Auslöser für die Entscheidung der EZLN zur Revolte war die 1991 erfolgte Überarbeitung von Artikel 27 in Mexikos revolutionärer Verfassung von 1917. Gemäß Artikel 27 wurden einheimische kommunale Grundbesitzer oder Ejidos vor dem Verkauf oder der Privatisierung geschützt. Mit der Entfernung von Artikel 27 befürchteten einheimische Bauern den Verlust ihres verbleibenden Landes und billige Importe aus den USA., Im Jahr vor der Rebellion bezeichnete die EZLN Subcomandante Marcos (englisch für „Subcommander“) als ideologischen Führer des Aufstands und plante auch, dem Staat Mexiko den Krieg zu erklären. Marcos war einzigartig in seiner Führung, denn im Gegensatz zu den meisten Teilnehmern des Aufstands war seine ethnische Zugehörigkeit Mestizen anstelle von Indigenen. Die EZLN erklärte dem mexikanischen Staat am 1. Januar 1994 den Krieg, um gegen die Umsetzung der NAFTA zu protestieren.