Popis
RFLPs jsou kapely, které odpovídají fragmenty DNA, obvykle v rozmezí 2-10 kb, které jsou výsledkem štěpení genomové DNA restrikční enzymy. Fragmenty DNA jsou odděleny elektroforézou agarózového gelu a jsou detekovány následnou hybridizací Southern blot na značenou DNA sondu. Označování sondy může být provedeno radioaktivním izotopem nebo alternativními neradioaktivními skvrnami, jako je digoxigenin nebo fluorescein., Specifické sondy RFLP lokusu se skládají z homologní sekvence specifické chromozomální oblasti. Sondy jsou generovány prostřednictvím výstavby genomické nebo komplementární DNA (cDNA) knihovny, a proto může být složen ze specifické sekvence neznámé totožnosti (genomické DNA), nebo část sekvence funkčního genu (exonů jen cDNA). Sondy RFLP jsou udržovány jako klony ve vhodných bakteriálních vektorech, které pohodlně umožňují izolaci fragmentů DNA, které drží. Mohou být použity sondy z příbuzných druhů (heterologní sondy)., Variace sekvence DNA ovlivňující nepřítomnost nebo přítomnost rozpoznávacích míst restrikčních enzymů a vložení a odstranění do dvou sousedních restrikčních míst tvoří základ délkových polymorfismů.
silné
RFLP jsou obecně považovány za středně polymorfní. Kromě jejich vysoké genomické hojnosti a jejich náhodné distribuce mají RFLP výhody zobrazování kodominantních alel a vysoké reprodukovatelnosti.,
slabé stránky
hlavními nevýhodami RFLP jsou požadavek pracných a technicky náročných metodických postupů a vysoké náklady. Obecně platí, že pokud je proveden výzkum s nedostatečně studoval skupin volně žijících druhů nebo špatně studoval plodin (orphan crops) vhodné sondy nemusí být ještě k dispozici, takže jsou zapotřebí značné investice pro rozvoj. Kromě toho je pro každé trávení DNA vyžadováno velké množství čištěné DNA s vysokou molekulovou hmotností. Větší množství je zapotřebí pro druhy s většími genomy, a pro větší počet časů potřebných pro sondu každého blotu., RFLP nejsou přístupné automatizaci a spolupráce mezi výzkumnými týmy vyžaduje distribuci sond.
aplikace
RFLP lze aplikovat v rozmanitých a fylogenetických studiích od jedinců v rámci populací nebo druhů až po úzce příbuzné druhy. RFLP byly široce používány ve studiích genového mapování kvůli jejich vysoké genomové hojnosti kvůli dostatečné dostupnosti různých restrikčních enzymů a náhodné distribuci v celém genomu., Byly také použity k prozkoumání vztahů úzce souvisejících taxonů, jako nástroje pro otisky prstů, pro studie rozmanitosti, a pro studie hybridizace a introgrese, včetně studií toku genů mezi plodinami a plevelem.
doporučená četba
Omezení délky restrikčních fragment mapování v jehličnany a aplikací do lesa genetika a strom zlepšení Neale D. B. a Williams, C. G. (1991). Canadian Journal of Forest Research, 21: 545-554. doi: 10.1139 / x91-076.