Agamemnon samlede de modvillige græske styrker for at sejle til Troy. Forberedelse til at afvige fra Aulis, en havn i Boeotia, Agamemnons hær pådrog gudinden Artemis vrede. Der er flere grunde i hele myten til sådan vrede: i Aeschylus’ spil Agamemnon, Artemis er vred på de unge mænd, der vil dø i Troy, hvorimod i Sophocles’ Electra, Agamemnon har dræbt et dyr, der er hellig for Artemis, og pralede derefter, at han var Artemis ‘ lige i jagt., Ulykker, herunder en pest og mangel på vind, forhindrede hæren i at sejle. Endelig meddelte profeten Calchas, at gudindenes Vrede kun kunne fremmes af offeret af Agamemnons datter Iphigenia.,
Achilles’ overgivelse af Briseis til Agamemnon, fra huset til den tragiske digter i Pompeji, fresco, 1.århundrede e. kr., nu i Naples National Archaeological Museum
klassiske dramatiseringer adskiller sig fra, hvor villig enten far eller datter var til denne skæbne; nogle inkluderer sådan svindel som at hævde, at hun skulle giftes med Achilles, men Agamemnon ofrede til sidst Iphigenia. Hendes død appeased Artemis, og den græske hær satte ud for Troy., Flere alternativer til det menneskelige offer er blevet præsenteret i den græske mytologi. Andre kilder, såsom Iphigenia ved Aulis, siger, at Agamemnon var parat til at dræbe sin datter, men at Artemis accepterede et Hjort i hendes sted og whishisked hende væk til Tauris på Krim-halvøen. Hesiod sagde, at hun blev gudinden Hecate.Agamemnon var øverstkommanderende for grækerne under trojanskrigen. Under kampene dræbte Agamemnon Antiphus og femten andre trojanske soldater ifølge en kilde., Men i Iliaden selv har han vist sig at slagte hundreder mere i bog 11 under hans aristea løst oversat til” day of glory”, som er den mest ligner Achilles’ aristea i bog 21 (de begge sammenlignes med løver og destruktive brande i kamp, deres hænder beskrives som” splattered withith gore “og” invincible”, trojanerne flygter til væggene, de begge appelleres til af et af deres ofre, de begge undgås af Hector, de bliver begge såret i armen eller hånden, og de dræber begge den, der sårede dem)., Allerede før hans aristea blev Agamemnon anset for at være en af de tre bedste krigere på den græske side som bevist, når Hector udfordrer enhver mester på den græske side til at bekæmpe ham i Bog 7, og Agamemnon (sammen med Diomedes og Aja.den større) er en af de tre mest ønskede at møde ham ud af de ni stærkeste græske krigere, der meldte sig frivilligt. Og efter at de forsonede sig, indrømmer selv Achilles i bog 23, at Agamemnon er ” den bedste i styrke og i at kaste spydet.,”Denne påstand bevises yderligere af det faktum, at Agamemnon var den eneste store kriger på begge sider, der aldrig havde brug for gudernes direkte indgriben for at øge sin styrke eller give ham urimelige fordele i kamp, og alligevel forårsagede han stadig en utrolig ødelæggelse næsten på Achilles skala.
Iliaden fortæller historien om kranglen mellem Agamemnon og Achilles i krigens sidste år. Efter en af Achaean hærens angreb blev Chryseis, datter af Chryses, en af Apollos præster, taget som en krigspris af Agamemnon., Chryses bønfaldt Agamemnon at befri sin datter, men blev mødt med ringe succes. Chryses bad derefter til Apollo for sikker tilbagevenden af sin datter, som Apollo reagerede på ved at løsne en pest over den Achaiske hær. Efter at have lært af profeten Calchas, at pesten kunne fjernes ved at returnere Chryseis til sin far, accepterede Agamemnon modvilligt (men berated først Calchas for tidligere at tvinge Agamemnon til at ofre sin datter Iphigenia) og frigav sin pris. Men som kompensation for hans tabte præmie, Agamemnon krævede en ny præmie., Han stjal en attraktiv slave kaldet Briseis, en af Krigsbyttet, fra Achilles.
Som svar på at blive frataget Briseis trak Achilles sig tilbage fra kamp og satte de græske hære i fare for at miste krigen. Agamemnon, der indså Achilles ‘ s vigtigheden i at vinde krigen mod den Trojanske Hær, sendte ambassadører, der tigger om Achilleus til at vende tilbage, og tilbød ham rigdom og hånden af sin datter i ægteskab, men Achilles nægtede, kun for at blive ført tilbage i aktion, når Patroklos blev dræbt i slaget ved Hector, ældste søn af Kong Priamos og Dronning Hecuba.,
selvom det ikke var lige for Achilles i tapperhed, var Agamemnon en repræsentant for “kongelig myndighed”. Som øverstbefalende indkaldte han Fyrsterne til Rådet og førte hæren i kamp. Hans største fejl var hans overvældende Hovmod; en over-ophøjet opfattelse af hans holdning, der førte ham til at fornærme Chryses og Achilles, derved bringe stor katastrofe på grækerne.
efter fangst af Troy faldt Cassandra, den dømte Profetinde og datter af Priam, til Agamemnons parti i fordelingen af krigens præmier.