Harpers Ferry blev første gang afviklet i 1732 af Peter Stephens, hvis “bz’ s rettigheder”, som blev købt i 1747 af Robert Harper, for hvem byen er opkaldt efter. I omkring 1750 Harper fik patent på 125 acres (0.5 km2) på den nuværende placering af byen. I 1761 etablerede Harper en færge over Potomac-floden, hvilket gjorde byen til et udgangspunkt for nybyggere, der flyttede ind i Shenandoah-dalen og længere mod vest. I 1763 etablerede Virginia Generalforsamling byen ” Shenandoah Falls på Mr., Harpers færge.”
den 25.oktober 1783 besøgte Thomas Jefferson Harpers Ferry. Han betragtede “passagen af Potomac selvom Blue Ridge” fra en Klippe, som nu er opkaldt efter ham. Jefferson kaldte Stedet ” måske en af de mest fantastiske scener i naturen.”
George .ashington, som præsident for Pato .mack Company (som blev dannet for at fuldføre flodforbedringer på Potomac og dets bifloder), rejste til Harpers Ferry i sommeren 1785 for at bestemme behovet for bypass-kanaler., I 1794 fik familiashingtons kendskab til området ham til at foreslå stedet for et nyt amerikansk arsenal og arsenal. Nogle af familyashingtons familie flyttede til området; Charles .ashington, yngste fulde bror til præsidenten, grundlagde byen Charles to .n, nogle seks miles mod sydvest. Præsident greatashingtons tip-tip-nevø, oberst Le .is .ashington, blev holdt som gidsler under John bro .ns raid i 1859.
i 1796 købte den føderale regering en pakke jord fra Robert Harpers arvinger, og tre år senere begyndte byggeriet på US Armory og Arsenal på Harpers Ferry., Mellem 1801 og 1861, da det blev ødelagt for at forhindre fangst under borgerkrigen, producerede armory mere end 600.000 musketter, rifler og pistoler. Industrialiseringen fortsatte i 1833, når Chesapeake & Ohio Canal nået Harpers Ferry, der forbinder det med Washington, D.C. ET år senere, Baltimore & Ohio Railroad begyndte toget gennem byen.
den 16.oktober 1859 førte den radikale afskaffelsesmand John bro .n en gruppe på 21 mænd i et angreb på arsenalet., Bro .n og hans mænd angreb og fangede flere bygninger; han håbede at bruge de fangede våben til at indlede en slaveopstand i hele Syd. John bro .ns mænd blev hurtigt fastgjort af lokale borgere og militser og tvunget til at søge tilflugt i maskinhuset ved siden af armory. En kontingent af amerikanske marinesoldater, ledet af den daværende Oberstløytnant Robert E. Lee, stormede motorhuset og fangede de fleste raiders, dræbte nogle få og led selv en enkelt ulykke. Bro .n blev forsøgt for forræderi mod Common .ealth of Virginia, dømt og hængt i Charles to .n., Raidet var en katalysator for borgerkrigen.borgerkrigen var katastrofal for Harpers Ferry, som skiftede hænder otte gange mellem 1861 og 1865. Da Virginia løsrev sig i April 1861, forsøgte den amerikanske garnison at brænde arsenalet og ødelægge maskinen for at forhindre de konfødererede i at bruge det. Lokalbefolkningen reddede udstyret, som den konfødererede hær overførte til et mere sikkert sted i hovedstaden Richmond. Den amerikanske hær fornyede aldrig våbenproduktion i Harpers Ferry.,
efter afslutningen af borgerkrigen, i 1867, blev historisk black lager College grundlagt på Camp Hill af Pastor Nathan Cook Brackett. Bemærkelsesværdige alumner inkluderer Ja..legenden Don Redman og den første præsident for Forbundsrepublikken Nigeria, Nnamdi a .iki .e. Stores College lukkede i juni 1955, og campus er nu en del af Harpers Ferry National Historical Park.
den 15.August 1906 afholdt Niagara-bevægelsen, ledet af forfatter og lærd Dueb Du Bois og den politiske aktivist .illiam Monroe Trotter, sit første møde på amerikansk jord på campus på lager College., Den tre-dages samling, som blev afholdt for at sikre borgerlige rettigheder for afroamerikanere, blev senere beskrevet af DuBois som “et af de største møder, som amerikanske Negre nogensinde har afholdt.”I 1911 sluttede medlemmerne af Niagara-bevægelsen sig sammen med andre for at danne National Association for the Advancement of Colored People, bedre kendt som NAACP.
i 1944 blev det meste af byen en del af National Park Service og opretholdes nu som Harpers Ferry National Historical Park., Alle områder af byen, der ikke er i parken, er indeholdt i det føderalt anerkendte Harpers Ferry Historic District.