St. John O ‘ Sullivan blev placeret i spidsen for missionen i 1910, på hvilket tidspunkt dens samfund blev spredt og dens bygninger i ruiner. Han begyndte at genopbygge sogn samfund samt genoprette de gamle faciliteter. Missionen blev tildelt fuld snæversynet status i 1918 som Missionskirken San Juan Capistrano. Serra-kapellet, den ældste stående kirkebygning i Californien og den eneste eksisterende bygning, hvor St .. , Junipero Serra er kendt for at have sagt masse, blev brugt til tjenester, som missionens oprindelige sten kirke blev ødelagt i en 1812 jordskælv.
Der var gjort forskellige bestræbelser på at genoprette kirken gennem årene, men havde kun forårsaget yderligere skade. O ‘ Sullivan, der ville tjene som præst indtil sin død i 1933, havde tænkt at konstruere en ny sognekirke, der var modelleret efter den gamle stenkirke, men forstod aldrig hans id.. Den moderne sag for en ny sognekirke blev taget op af Fr. Paul Martin, der blev udnævnt til præst i 1976., På dette tidspunkt, den katolske befolkning i området var vokset betydeligt, og Serra-kapellet var utilstrækkeligt til sognets behov.
klokketårnet i skumringen
Fundraising var begyndt i 1981, omfattende løfte drev og donationer fra mission besøgende. Den første masse i den nye bygning blev tilbudt Jul 1984, men konstruktionen ville ikke være afsluttet i yderligere to år., Den første messe i den nye kirke blev fejret den 23.oktober 1986, og bygningen blev officielt dedikeret af Timothy Cardinal Manning den 8. februar 1987.