spørgsmålet om en eventuel krydsning mellem Neandertalerne og anatomisk moderne mennesker (AMH) var blevet undersøgt siden begyndelsen af archaeogenetic undersøgelser af 1990’erne. I 2006, ingen beviser for krydsning endnu ikke blevet fundet. I 2009 blev analyse af ca.en tredjedel af Altai-individets fulde genom stadig rapporteret som “intet tegn på blanding”., Varianten af mikrocephalin almindelig uden for Afrika, som blev foreslået at være af Neanderthal oprindelse og ansvarlig for hurtig hjernevækst hos mennesker, blev ikke fundet i neandertalerne. Der var heller ikke en meget gammel MAPT-variant, der primært findes hos europæere.
positivt bevis for blanding blev offentliggjort første gang i maj 2010. Neanderthal-arvet genetisk materiale findes i alle ikke-afrikanske populationer og blev oprindeligt rapporteret at omfatte 1 til 4 procent af genomet. Denne fraktion blev senere raffineret til 1, 5 til 2, 1 procent.,
Det anslås, at 20 procent af Neanderthal DNA i øjeblikket overlever hos moderne mennesker.Moderne menneskelige gener, der er involveret i fremstilling af keratin, en proteinbestanddel af hud, hår og negle, har især høje niveauer af introgression.66% af Østasiaterne en POUF23L-variant, der er introgresseret fra neandertalere, mens 70% af europæerne har en introgresseret allel BNC2. Neanderthal varianter påvirker risikoen for at udvikle flere sygdomme, herunder lupus, galde cirrhose, Crohns sygdom, type 2 diabetes og alvorlig COVID-19., Allelen af MC1R, der oprindeligt var knyttet til rødt hår i neandertalerne, findes ikke hos europæere, men findes i Tai .anske aboriginer med en frekvens på 70% og ved moderat høje frekvenser i andre østasiatiske populationer; derfor er der faktisk ingen bevis for, at neandertalerne havde rødt hår., Mens krydsning betragtes som den mest parsimoniske fortolkning af disse genetiske fund, kunne 2010-undersøgelsen stadig ikke endeligt udelukke et alternativt scenario, hvor kildepopulationen af ikke-afrikanske moderne mennesker allerede var tættere forbundet med neandertalere end andre afrikanere var på grund af gamle genetiske opdelinger i Afrika.,
le Moustier Neanderthal kraniumrekonstitution, Neues Museum Berlin
Forskning siden 2010 har forfinet billedet af krydsning mellem neandertalerne, denisovanerne og anatomisk moderne mennesker.Krydsning ser ud til at have fundet sted asymmetrisk blandt forfædrene til moderne mennesker, og at dette er en mulig begrundelse for forskellige frekvenser af Neanderthal-specifikt DNA i moderne menneskers genomer., I Vernot og Akey (2015) konkluderede, at den relativt større mængde Neanderthal-specifikt DNA i genomerne af individer af østasiatisk afstamning (end dem af europæisk afstamning) ikke kan forklares med forskelle i udvælgelse. De antyder endvidere, at “to yderligere demografiske modeller, der involverer enten en anden puls af Neandertalgen strømmer ind i forfædrene til Østasiater eller en fortynding af Neandertal-afstamninger hos europæere ved blanding med en ukendt forfædres befolkning” er parsimoniske med deres data., Lignende konklusioner, der blev draget af Kim og Lohmueller (2015): “Det har været en hypotese, at den større andel af Neandertal herkomst i Øst-Asiater end i europa på grund af det faktum, at rensende udvalg er mindre effektiv til at fjerne svagt skadelige Neandertal-alleler fra Øst Asiatiske populationer. Ved hjælp af simuleringer af en bred vifte af modeller for udvælgelse og demografi, har vi vist, at denne hypotese ikke højde for den højere andel af Neandertal herkomst i Øst-Asiater end Europæerne., I stedet kræves mere komplekse demografiske scenarier, der sandsynligvis involverer flere pulser af Neandertalblanding, for at forklare dataene.”
Khrameeva et al. (2014), et tysk-russisk-kinesisk samarbejde, udarbejdede et konsensus Neanderthal genom baseret på genomet af Altai individet og af tre Vindjia individer. Dette blev sammenlignet med en konsensus chimpanse genom som outgroupog til genomet af elleve moderne populationer (tre afrikanske, tre østasiatiske, tre europæiske)., Ud over at bekræfte den markant højere lighed med det neanderthale genom hos ikke-afrikanere end hos afrikanere, undersøgelsen fandt også en forskel i fordelingen af Neanderthal-afledte steder mellem europæere og Østasiater, antyder nylige evolutionære pres. Asiatiske populationer viste klyngedannelse i funktionelle grupper relateret til immun-og hæmatopoietiske veje,mens europæere viste klyngedannelse i funktionelle grupper relateret til lipidkatabolisk proces.
bevis for AMH-blanding til neandertalere for omkring 100.000 år sidenblev præsenteret af Kuhl .ilm et al. (2016).,
der har været mindst tre episoder med krydsning. Den første ville have fundet sted kort efter, at nogle moderne mennesker forlod Afrika. Den anden ville have fundet sted, efter at forfædrene melanesere havde forgrenet sig—disse mennesker ser ud til at have opdrættet med denisovans. Den tredje ville kun have involveret neandertalere og forfædrene til Østasiater.
en undersøgelse fra 2016 præsenterede bevis for, at Neanderthal-mænd måske ikke har haft levedygtige mandlige afkom med AMH-kvinder.Dette kunne forklare, hvorfor der hidtil ikke er fundet nogen moderne mand med et Neandertal Y-kromosom.,en 2018-undersøgelse konkluderede, at krydsning mellem neandertalere og moderne mennesker oprindeligt førte til eksponering af hver art for ukendte vira. Senere gav udvekslingen af gener også resistens over for disse vira.
den 3.juli 2020 rapporterede forskere, at de fandt, at en vigtig genetisk risikofaktor for Covid-19-virussen blev arvet fra arkaiske neandertalere for 60,000 år siden. Det anslås, at 16% af europæerne og 50% af sydasiaterne har den særlige sekvens på kromosom III, hvor 63% af Bangladesherne har disse gensekvenser., Afrikanere, mellemøstlige og østasiatiske rapporterede tilstedeværelsen af kromosomet i meget ubetydelige mængder.