den første af de enogtyve Californien missioner, Mission San Diego de Alcal. er opkaldt efter det 15. århundrede saint, Didacus af Alcal., mere almindeligt kendt som Saint Diego. Grundlagt af Fader Junipero Serra den 16. Juli 1769, er det her, hvor den spanske religiøse og politiske drøm om at begynde en Alta California-missionskæde først blev virkelighed.,
oprindeligt beliggende på en bakke med udsigt over bugten, tvang en tørke i 1774 missionsfædrene til at flytte Mission San Diego omkring seks miles inde i landet til sin nuværende placering, tættere på San Diego-floden, for at få adgang til mere gunstige landbrugsjord og de lokale indiske landsbyer.
de indfødte Tipai-Ipai-indianere var modstandsdygtige over for kolonisering, og inden for uger efter, at missionens grundlæggende vold havde resulteret i dødsfald for både indianerne og missionærerne., I 1775, utilfreds med regler og forskrifter, angreb hundreder af lokale Tipai-indianere missionen og forårsagede stor skade på bygningen og dræbte far Jayme, som ville blive Californiens første kristne Martyr. I frygt for endnu et angreb genopbyggede padres missionen i henhold til specifikationerne for et hærfort.
efterhånden som missionsbefolkningen voksede, gjorde også behovet for en større kirke. Franciskanerne ansat Master mason Miguel Blanco til at konstruere bygningen, hvilket resulterer i et design, der betragtes som gammeldags, selv på tidspunktet for dens færdiggørelse., Kirken har slående vinduer, bygget højt for beskyttelse mod indtrængende, og også for at forhindre dem i at kollapse under vægten af adobe-væggene. Da taget revnede i 1811, blev der tilføjet Store støttepiller til missionens forside. Denne tilføjelse kom lige i tide-den ekstra støtte gjorde det muligt for missionen at overleve jordskælvet i 1812.
et af de mest slående træk ved denne mission er den 46-fods høje campanario eller bell wallall, der holder fem klokker. Den største af disse Bron bellse klokker hedder Mater Dolorosa, og vejer en svimlende 1,200 pounds., Fælles for alle missioner, klokker tjente en række formål: de annoncerede tiden for masse, arbejde, måltider, og siestaer. Selvfølgelig advarede de også om fare, tolled for at ære de døde, ringede for at fejre fred og proklamerede ankomsten af gæster.
Fader Junipero Serras arv forbliver på denne sydlige del af Californiens missioner. Bygget i 1774, La Casa De Padre Serra, er hvor mission idealisten engang sov. Det antages, at dette rum er det eneste originale rum, der har overlevet indiske angreb og naturkatastrofer.Mission San Diego ‘ s militære fortid har været begivenhedsrig., Den amerikanske militære besættelse af missionen begyndte i 1846 og varede 16 år, indtil præsident Abraham Lincoln underskrev en proklamation, der returnerede missionen til den katolske kirke i 1862.i dag kombineres kirken og et nyere kapel, La Capilla de San Bernardino, til at fungere som religiøst center for Mission San Diego ‘ s stadig store og aktive Sogn.