freden viste sig kortvarig, for i slutningen af 1798 blev der dannet en ny koalition rettet mod Frankrig (krigen i den anden koalition, 1798-1802). Denne gang forblev Preussen neutral. Frederick IIIILLIAM III, en samvittighedsfuld og beskeden, men ineffektiv hersker, var kendt for privat moral snarere end politisk dygtighed. Regeringen i Berlin drev frem og tilbage, dabbling i mindre økonomiske og administrative reformer uden væsentligt at forbedre statens struktur., Et årti med neutralitet blev frittered væk, mens hærens kommandanter hvilede på Frederick Den Store laurbær. Østrig spillede på den anden side den samme ledende rolle i krigen i den anden koalition, som den gjorde i krigen i den første koalition, med det samme uheldige resultat. De franske sejre ved Marengo (14. juni 1800) og Hohenlinden (3.December 1800) tvang kejser Francis II til at acceptere Lunvilleville-traktaten (9. februar 1801), som bekræftede rheinlands afstamning., Mere end det, de herskere, der mistede deres ejendele på venstre bred under Fredens betingelser, skulle modtage erstatning andetsteds i imperiet. For at udføre denne omfordeling af territorium overlod den kejserlige diæt et udvalg af fyrster, Reichsdeputationen, med opgaven at tegne et nyt kort over Tyskland. Frankrig udøvede imidlertid den store indflydelse på sine overvejelser. Napoleon havde besluttet at udnytte afvikling af territoriale krav til fundamentalt at ændre strukturen i Det Hellige Romerske Imperium., Resultatet var, at den endelige Recess (Hauptschluss) af Reichsdeputation i Februar 1803 markerede afslutningen på den gamle orden i Tyskland. I deres forsøg på at etablere en kæde af satellitstater øst for Rhinen medførte de franske diplomater eliminering af den mindste og mindst levedygtige af Tysklands politiske komponenter. De fremmede dermed også den nationale konsolideringsproces, da fragmenteringen af borgermyndigheden i imperiet havde været en grundpille for particularism. At Napoleon ikke havde til hensigt at fremme enhed blandt sine naboer siger sig selv., Alligevel forberedte han uforvarende vejen for en centraliseringsproces i Tyskland, der hjalp med at frustrere hans egne planer for den fremtidige aggrandi .ement i Frankrig.
de vigtigste ofre for den endelige Recess var de frie byer, de kejserlige riddere og de kirkelige territorier. De faldt af snesevis. For svage til at være nyttige allierede af Napoleon blev de ødelagt af ambitionerne fra deres franske erobrere og af deres tyske naboers grådighed., De kunne stadig prale af deres gamle historie som suveræne medlemmer af Det Hellige Romerske Imperium, men deres fortsatte eksistens var blevet uforenelig med effektiv regering i Tyskland. De vigtigste arvinger til deres bedrifter var de større sekundære stater. For at være sikker, Napoleon kunne ikke holde Østrig og Preussen fra at gøre nogle gevinster i den generelle kamp for territorium, som de havde bidraget til at gøre det muligt. Men han arbejdede for at aggrandisere de tyske herskere, de fleste af dem i syd, som var stærke nok til at være værdifulde vasaler, men ikke stærke nok til at være potentielle trusler., Bayern, bavariarrttemberg, Baden, Hesse-Darmstadt og Nassau var de store vindere i konkurrencen om booty, der havde været hovedformålet med forhandlingerne. Napoleon ‘ s strategi havde været i den klassiske tradition for fransk diplomati, tradition for Richelieu og Ma .arin. Fyrsterne var blevet sat op mod kejseren for at styrke den rolle, som Paris kunne spille i de tyske staters anliggender. Alligevel har de tyske fyrster ikke fortørnet at blive brugt som bonde i et politisk spil for at fremme en udenlandsk magts interesser., De indvendinger, de rejste mod bosættelsen i 1803, var baseret på hensigtsmæssighed og opportunisme. Den mest alvorlige anklage mod den gamle orden var, at ingen af herskerne forsøgte at forsvare den i Tysklands generelle velfærd i timen for dens forestående sammenbrud.
den sidste Recess var den næstsidste handling i efteråret af Det Hellige Romerske Imperium. Slutningen kom tre år senere. I 1805 Østrig tiltrådte den tredje koalition af stormagter fast besluttet på at reducere overvægten af Frankrig (hvilket resulterer i krigen i den tredje koalition, 1805-07)., Resultatet af denne krig var endnu mere katastrofalt end krigene i den første og anden koalition. Napoleon tvang den vigtigste Habsburg-hær i Tyskland til at overgive sig ved Ulm (17. oktober 1805); derefter faldt han ned over Viennaien og besatte sin fjendes stolte hovedstad; og til sidst påførte han et knusende nederlag (2.December 1805) på de kombinerede russiske og østrigske hære ved Austerlit. i Moravia (nu i Tjekkiet)., Før året var ude, blev Francis II tvunget til at underskrive den ydmygende traktat i Pressburg (26.December), som sluttede den dominerende rolle, hans dynasti havde spillet i Tysklands anliggender. Han måtte overgive sine ejendele i Vesttyskland til Wttrttemberg og Baden og provinsen Tirol til Bayern. Napoleon ‘ s strategi for at spille fyrstelig mod imperial ambitioner havde vist sig en strålende succes. Herskerne i de sekundære stater i syd havde støttet ham i krigen mod Østrig, og i den fred, der fulgte, blev de rigt belønnet., Ikke alene fik de del i det bytte der blev beslaglagt fra Habsburgerne, men de fik også lov til at absorbere de resterende frie byer, små fyrstedømmer og kirkelige territorier. Endelig overtog herskerne i Bayern og Wttrttemberg titlen konge, mens herskerne i Baden og Hesse-Darmstadt tilfredse sig med storhertugens mere beskedne rang., De sidste rester af den kejserlige forfatning, der nu var blevet ødelagt, og Tyskland var klar til en ny form for politisk organisation, der afspejler magtforhold, skabt af våbenmagt.
i sommeren 1806 meddelte 16 af de sekundære stater, opmuntret og prodded af Paris, at de dannede en separat forening for at blive kendt som Rhinens Forbund., Ærkebiskop Karl Theodor von Dalberg skulle præsidere for den nye union som” prince primate, ” mens fremtidige overvejelser blandt medlemmerne skulle etablere et kollegium af konger og et kollegium af fyrster som fælles lovgivende organer. Der var endda tale om en “grundlæggende statut”, der ville tjene som forfatningen for et forynget Tyskland. Alligevel var alle disse modige planer aldrig mere end en facade for den hårde virkelighed af fremmed hegemoni i Tyskland., Napoleon blev proklameret” protektor ” for Rhinens Forbund, og en permanent alliance mellem medlemsstaterne og det franske imperium forpligtede førstnævnte til at opretholde betydelige militære styrker med henblik på gensidig forsvar. Der kunne ikke være tvivl om, hvis interesser disse tropper ville tjene. De sekundære herskere i Tyskland forventedes at betale en smuk hyldest til Paris for deres nyopkøbte sham-suverænitet., Den 1. August proklamerede de konfødererede stater deres løsrivelse fra Imperiet, og en uge senere, den 6.August 1806, meddelte Francis II, at han lagde den kejserlige krone. Det Hellige Romerske Imperium sluttede således officielt efter en tusindårs historie.