16S rRNA o sequenciamento genético é comumente usado para a identificação, classificação e quantificação dos micróbios dentro do complexo biológico de misturas, tais como amostras ambientais (ex., água do mar) e o intestino amostras (ex intestino humano microbiano)., O gene rRNA 16S é um componente altamente conservado da maquinaria transcritional de todas as formas de vida baseadas no DNA e, portanto, é altamente adequado como um gene alvo para sequenciar o DNA em amostras contendo até milhares de espécies diferentes. Os iniciadores PCR universais podem ser projetados para atingir as regiões conservadas de 16S, tornando possível amplificar o gene em uma ampla gama de diferentes microrganismos a partir de uma única amostra. Convenientemente, o gene rRNA 16S consiste em regiões conservadas e variáveis (Fig. 1)., Enquanto a região conservada torna possível a amplificação universal, sequenciando as regiões variáveis permite a discriminação entre diferentes microorganismos específicos como bactérias, archaea e Eukarya microbiana. A identificação do vírus requer metagenomic de seqüenciamento (a sequenciação directa do total de DNA extraído a partir de uma comunidade microbiana), devido à sua falta de filogenéticas marcador gene 16S.
Fig 1 – Cerca de 1,5 kb 16S rRNA gene de E. coli mostrando os nove variável regiões que fazem dele um alvo ideal como um filogenética marcador gene.,originalmente, estudos de amostras ambientais exigiam cultivo e isolamento de espécies para identificação, um processo laborioso e demorado. No entanto, o acoplamento de 16S rRNA PCR com sequenciação de próxima geração permitiu o estudo de muitas amostras a baixo custo. Os primeiros estudos de sequenciação do rRNA 16S já encontraram muitas sequências que não pertencem a nenhuma espécie cultivada conhecida, indicando que existem numerosos organismos não isolados e que os métodos de cultivo encontram apenas uma pequena percentagem das espécies bacterianas e arcaicas numa amostra., Além disso, com a multiplexação de muitas amostras e de alta profundidade da cobertura proporcionada por hoje a próxima geração de plataformas, podemos agora analisar amostras abrangente série de tempo para quantificar a dinâmica da comunidade microbiana em vários sites, ou produzir 3D detalhados mapas de comunidades microbianas, bem como explorar se as mudanças na rara ou abundante de espécies estão associadas com a saúde e a doença.
Fig. 2 – clustering of 5′ and 3′ reads from different environmental samples show that samples from a given environment type cluster together well.,
lê-se a partir de sequenciação de próxima geração pode ser BLASTADO em bases de dados curadas, como o projeto de banco de dados Ribosomal (RDP), GreenGenes, e SILVA para identificação e classificação. Sequências relacionadas são “agrupadas” e o número de representantes de cada grupo é contado. Clusters de sequências similares são referidos como” unidades taxonômicas operacionais ” (OTUs). As contagens de OTU são resumidas em uma tabela de abundância relativa para cada organismo em cada amostra., Até à data, foram desenvolvidos vários oleodutos de análise para análise de dados de sequência genética 16S rRNA e dois oleodutos comumente usados são QIIME e Mothur. QIIME leva os usuários de sua saída de sequenciamento bruto através de análises iniciais, tais como otu picking, atribuição taxonômica, e construção de árvores filogenéticas a partir de sequências representativas do OTUs, e através de análise estatística a jusante, visualização e produção de gráficos de qualidade de publicação.,
LC Sciences offers a comprehensive 16SrRNA gene sequencing service for identification and classification of species in microbial samples. Usamos uma zona dual (zonas amplificadas V3 + V4) 16S estratégia de amplificação de fragmentos rDNA, sequência na indústria líder da plataforma Illumina MiSeq e fornecer uma extensa análise de dados, incluindo: sequenciando estatísticas de saída de dados, agrupamento de sequências em unidades taxonômicas operacionais (OTU), análise de diversidade, classificação de espécies e análise de abundância.,recentemente, um dos clientes da LC Sciences utilizou a sequenciação genética 16S rRNA para estudar a propagação microbiana do ar em zonas poluídas onde condições climáticas adversas causassem uma dupla poluição de poeiras e smog.