IMGT classes dos 20 aminoácidos comuns
IMGT classes “físico-químicas” das 20 classes de aminoácidos comuns
onze classes “físico-químicas” dos 20 aminoácidos comuns foram definidas pelas propriedades físico-químicas das suas cadeias laterais (Figura 1) .,estas classes padronizadas são usadas em bases de dados e ferramentas IMGT®, para a descrição de alterações de classe de aminoácidos em mutações e engenharia proteica.
Figura 1: as 11 classes “físico-químicas” das 20 aminoácidos comuns .,
‘Hydropathy’
| I | V | L | F | C | M | A | W (1) | G | T | S | Y | P | H | N | D | Q | E | K | R |
| 4.5 | 4.2 | 3.8 | 2.8 | 2.5 | 1.9 | 1.8 | -0.,9 | -0.4 | -0.7 | -0.8 | -1.3 | -1.6 | -3.2 | -3.5 | -3.5 | -3.5 | -3.5 | -3.9 | -4.,5 |
| HIDROFÓBICA | NEUTRAL | HIDROFÍLICO | |||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
os Aminoácidos são ordenados do mais hidrofóbico um, Isoleucina (I, no lado da mão esquerda) para as mais hidrofílico um, Arginina (R, no lado direito), de acordo com o Kyte-Doolitle escala .
(1) triptofano, apesar de seu valor de -0,9 na escala Kyte-Doolittle, foi classificado na classe IMGT ‘hidrofóbica’, uma vez que participa do núcleo hidrofóbico dos domínios estruturais.,
‘Volume’
aminoácidos são ordenados do menor (G) para o maior (W).
“químico”
“carga”
o grupo sulfidril da cisteína e do grupo fenólico hidroxilo da tirosina apresenta algum grau de ionização dependente do pH.
“átomos dadores ou aceitantes de hidrogénio”
Existem 4 classes de átomos dadores ou aceitadores de hidrogénio. Os aminoácidos de cada classe estão na ordem do quadro 2:
- dador (R, K, W).aceitante (D, E).dador e aceitador (n, Q, H, S, T, Y).nenhuma (A, C, G, I, L, M, F, P,V).,