St. John O’Sullivan foi colocado no comando da missão em 1910, altura em que a sua comunidade foi espalhada e os seus edifícios em ruínas. Ele começou a reconstruir a comunidade paroquial, bem como a restauração das antigas instalações. A missão recebeu o status Paroquial completo em 1918 como a Igreja Missionária San Juan Capistrano. A Capela Serra, o mais antigo edifício da Igreja na Califórnia e o único edifício existente onde são, Junipero Serra é conhecido por ter dito Missa, foi usado para serviços, como a Igreja de pedra original da missão foi destruída em um terremoto de 1812.vários esforços foram feitos para restaurar a Igreja ao longo dos anos, mas só causou mais danos. O’Sullivan, que serviria como pastor até sua morte em 1933, tinha pensado em construir uma nova igreja paroquial baseada na antiga igreja de pedra, mas nunca percebeu sua ideia. O caso moderno de uma nova igreja paroquial foi retomado pelo Pe. Paul Martin, que foi nomeado pastor em 1976., Nessa época, a área da população católica tinha crescido consideravelmente, e a Capela Serra era inadequada às necessidades da paróquia.
A torre do sino ao entardecer
Angariação de fundos tinha começado em 1981, abrangendo promessa de unidades e doações de missão visitantes. A primeira missa no novo edifício foi oferecida no Natal de 1984, mas a construção não seria concluída por mais dois anos., A primeira missa na nova igreja foi celebrada em 23 de outubro de 1986, e o edifício foi oficialmente dedicado pelo Cardeal Timothy Manning em 8 de fevereiro de 1987.