Beschreibung
RFLPs sind Banden, die DNA-Fragmenten entsprechen, die normalerweise im Bereich von 2-10 kb liegen und aus der Verdauung genomischer DNA mit Restriktionsenzymen resultieren. DNA-Fragmente werden durch Agarosegelelektrophorese abgetrennt und durch anschließende Southern-Blot-Hybridisierung an eine markierte DNA-Sonde nachgewiesen. Die Markierung der Sonde kann mit einem radioaktiven Isotop oder mit alternativen nicht radioaktiven Flecken wie Digoxigenin oder Fluorescein erfolgen., Die ortsspezifischen RFLP-Sonden bestehen aus einer homologen Sequenz einer bestimmten Chromosomenregion. Sonden werden durch den Aufbau von genomischen oder komplementären DNA-Bibliotheken (cDNA) erzeugt und können daher aus einer spezifischen Sequenz unbekannter Identität (genomische DNA) oder einem Teil der Sequenz eines funktionellen Gens (nur Exons, cDNA) bestehen. RFLP-Sonden werden als Klone in geeigneten bakteriellen Vektoren gehalten, die bequem die Isolierung der DNA-Fragmente ermöglichen, die sie halten. Sonden verwandter Spezies können verwendet werden (heterologe Sonden)., DNA-Sequenzvariation, die das Fehlen oder Vorhandensein von Erkennungsstellen von Restriktionsenzymen sowie Einfügungen und Löschungen innerhalb zweier benachbarter Restriktionsstellen beeinflusst, bilden die Grundlage für Längenpolymorphismen.
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RFLPs sind im Allgemeinen mäßig polymorph. Zusätzlich zu ihrer hohen genomischen Fülle und ihrer zufälligen Verteilung haben RFLPs die Vorteile, codominante Allele zu zeigen und eine hohe Reproduzierbarkeit zu haben.,
Schwächen
Die Hauptnachteile von RFLPs sind das Erfordernis mühsamer und technisch anspruchsvoller methodischer Verfahren und hoher Kosten. Wenn im Allgemeinen mit schlecht untersuchten Gruppen von Wildarten oder schlecht untersuchten Kulturen (Orphan Crops) geforscht wird, sind möglicherweise noch keine geeigneten Sonden verfügbar, so dass erhebliche Investitionen für die Entwicklung erforderlich sind. Darüber hinaus werden große Mengen gereinigter, hochmolekularer DNA für jeden DNA-Verdauung benötigt. Größere Mengen werden für Arten mit größeren Genomen und für die größere Anzahl von Zeiten benötigt, um jeden Blot zu untersuchen., RFLPs sind nicht automatisierbar und die Zusammenarbeit zwischen Forschungsteams erfordert die Verteilung von Sonden.
Anwendungen
RFLPs können in diversitäts-und phylogenetischen Studien angewendet werden, die von Individuen innerhalb von Populationen oder Arten bis hin zu eng verwandten Arten reichen. RFLPs wurden in Gen-Mapping-Studien aufgrund ihrer hohen genomischen Häufigkeit aufgrund der großen Verfügbarkeit verschiedener Restriktionsenzyme und der zufälligen Verteilung im gesamten Genom häufig verwendet., Sie wurden auch verwendet, um Beziehungen von eng verwandten Taxa als Fingerprinting-Tools, für Diversitätsstudien und für Studien zur Hybridisierung und Introgression, einschließlich Studien des Genflusses zwischen Kulturen und Unkräutern, zu untersuchen.
Empfohlene Literatur
Einschränkung fragment Länge Polymorphismus mapping in der Nadelbäume und Anwendungen forest genetics and tree improvement Neale, D. B. und Williams, C. G. (1991). Canadian Journal of Forest Research, 21: 545-554. doi: 10.1139/x91-076.