beskrivelse
RFLPs er bånd, der svarer til DNA-fragmenter, normalt inden for området 2-10 kb, der er resultatet af fordøjelsen af genomisk DNA med restriktionsen .ymer. DNA-fragmenter adskilles ved agarosegelelektroforese og detekteres ved efterfølgende Southern blot-hybridisering til en mærket DNA-sonde. Mærkning af sonden kan udføres med en radioaktiv isotop eller med alternative ikke-radioaktive pletter, såsom digo .igenin eller fluorescein., De lokusspecifikke RFLP-prober består af en homolog sekvens af en specifik kromosomal region. Sonder genereres gennem konstruktionen af genomiske eller komplementære DNA (cDNA) biblioteker og kan derfor være sammensat af en specifik sekvens af ukendt identitet (genomisk DNA) eller en del af sekvensen af et funktionelt gen (kun e .oner, cDNA). RFLP-prober opretholdes som kloner i egnede bakterievektorer, der bekvemt tillader isolering af de DNA-fragmenter, de holder. Prober fra beslægtede arter kan anvendes (heterologe prober)., Variation i DNA-sekvensen, der påvirker fraværet eller tilstedeværelsen af genkendelsessteder for restriktionsen .ymer, og indsættelser og sletninger inden for to tilstødende restriktionssteder, danner grundlaget for længdemolymorfismer.
styrker
RFLP ‘ er viser sig generelt at være moderat polymorfe. Ud over deres høje genomiske overflod og deres tilfældige distribution har RFLP ‘ er fordelene ved at vise codominant alleler og have høj reproducerbarhed.,
svagheder
de største ulemper ved RFLP ‘ er er kravet om besværlige og teknisk krævende metodologiske procedurer og høje omkostninger. Generelt, hvis der udføres forskning med dårligt studerede grupper af vilde arter eller dårligt studerede afgrøder (forældreløse afgrøder), er egnede prober muligvis endnu ikke tilgængelige, så der er behov for betydelige investeringer til udvikling. Desuden kræves store mængder oprenset DNA med høj molekylvægt til hver DNA-fordøjelse. Større mængder er nødvendige for arter med større genomer, og for det større antal gange, der er nødvendige for at undersøge hver blot., RFLP ‘ er er ikke tilgængelige for automatisering, og samarbejde mellem forskerteams kræver distribution af sonder.
applikationer
RFLPs kan anvendes i mangfoldigheds-og fylogenetiske undersøgelser, der spænder fra individer inden for populationer eller arter til nært beslægtede arter. RFLP ‘ er er blevet vidt brugt i genkortlægningsundersøgelser på grund af deres høje genomiske overflod på grund af den rigelige tilgængelighed af forskellige restriktionsen .ymer og tilfældig fordeling i hele genomet., De er også blevet brugt til at undersøge forhold mellem nært beslægtede ta .aer, som fingeraftryksværktøjer, til mangfoldighedsundersøgelser, og til undersøgelser af hybridisering og introgression, herunder undersøgelser af genstrømning mellem afgrøder og ukrudt.
foreslået læsning
Restriction fragment length polymorphism mapping in conifers and applications to forest genetics and tree improvement Neale, D. B. and andilliams, C. G. (1991). Canadian Journal of Forest Research, 21: 545-554. doi: 10.1139/1091-076.